En 1943 con el primer Campeonato nacional de Copa, bautizado como Campeonato de España sénior femenino de baloncesto, quedó subcampeón frente al Real Club Deportivo Español de Barcelona, aunque su éxito duró hasta su desaparición en el año 1944, cuando la sección se disuelve y sus jugadoras pasan a formar parte de la Sección Femenina Centro (1944-53), que conquistó seis campeonatos de Copa. Tras cuatro cambios de entrenador y desembolsar más de cincuenta millones de euros en fichajes, de los que prácticamente 40 fueron invertidos en el mercado de invierno fichando a jugadores como Raúl de Tomás, Adrián Embarba y Leandro Cabrera, sin embargo, no pudieron revertir la situación y el equipo finalizó por primera vez en el último puesto de la clasificación.
