Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo. Para la temporada 2005-06 fichó por el Real Madrid Club de Fútbol, equipo del que fue capitán desde el curso 2015-16 y con el que se ha proclamado, entre otros títulos, pentacampeón de Liga, tetracampeón de Europa y tetracampeón del mundo.
